Описание:

Установка позволяет получить полное представление о геноме, траскриптоме и эпигеноме:

• создание высококачественных сборок геномной ДНК эукариот при независимом секвенировании (de novo);
• проведение обширных популяционных исследований (большие когорты) с определением структурных вариаций генома;
• чтение непроцессированных (первичных) транскриптов для характеристики разнообразия изоформ;
• выявление всех типов вариантов на соответствующих участках генома;
• одновременное выявление эпигенетических модификаций.

Установка предназначена исключительно для исследовательских нужд. Не использовать для диагностики.

Установка, основывается на использовании одномолекулярного секвенирования в реальном времени (SMRT) и позволяет осуществлять длинные прочтения (риды), обеспечивать высокую консенсусную точность и равномерность покрытия, а также получать эпигенетическую характеристику. 

 

Особенности:

• ПО SMRT LINK:
  • встроенная комплексная система управления всем процессом исследования: от размещения образцов до получения результатов;
  • комплексный мониторинг в режиме реального времени;
  • система управления данными и управление доступом пользователей.
• Простое в использовании аналитическое ПО:
  • графический интерфейс пользователя и интерфейс с командной строкой;
  • полнофункциональный интерфейс прикладных программ (API) для обеспечения легкой совместимости;
  • использование стандартных промышленных форматов;
  • постоянная разработка приложений в рамках интернет-сообщества PacBio DevNet.
• Расходные материалы для SMRT:
  • полный цикл секвенирования в течение 24 ч;
  • малозатратная масштабируемая технология проведения исследований;
  • гибкие протоколы позволяют работать с различными видами образцов и размерами вставки;
  • автоматическая работа с расходными материалами.

 

Особенности пользования системой:

• автоматическое отслеживание расходных материалов с интегрированным программным обеспечением;
• интуитивно-понятная настройка прогона  и контроль хода выполнение исследования;
• гибкая настройка времени прогона – до 20 часов на каждую ячейку SMRT;
• время, в течение которого не требуется нахождение персонала у прибора, до 4 дней.

 

Эксплуатационные условия:

• электропитание: 208 – 240 В, переменный ток, 30 A, рекомендуется ИБП.
• рабочая температура: 19-25 °C (66,2 - 77 F) ± 2 °C/ч;
• влажность: 20-80%, образование конденсата не допускается;
• вентиляция: мощность системы отопления, вентиляции и кондиционирования воздуха 13 956 БТЕ (4 090 Вт);
• азот: 50 фунтов на кв. дюйм (psi)/ 2 585 тор/ мм. рт. ст.

Технические характеристики:

• объем данных 10 Гб со средней длиной прочтений 20 кб для проектов по секвенированию полного генома (геномной ДНК);
• объем данных 20 Гб со средней длиной прочтений 40 кб для проектов по секвенированию ампликонов и молекул РНК;
• консенсусная точность >99,999% (QV50*), причем полученные данные не содержат системных ошибок;
• эффективная технология секвенирования, требующая менее 24 часов;
• габариты (ШxГxВ): 36,5 x 34 x 66 дюймов, 92,7 x 86,4 x 167,6 см;
• масса: 780 фунтов (354 кг).

 

* Показатель качества QV = -10 х log10(p). Например, QV 20 – точность 99%, QV 30 – 99,9%, и QV 50 – 99,999%.